真菌是土壤微生物的重要组成部分，在土壤的生态过程中起着至关重要的作用，根据其对作物根系生长发育的影响可分为病原菌和有益菌。大豆是重要的经济作物和粮食作物，长期连作后影响土壤微生物的群落结构和多样性。由于病原真菌是大豆土传病害的主要病原，所以以往关于大豆连作土壤真菌的研究多集中于特定的几种真菌病害，对大豆连作后土壤真菌群落结构的整体变化研究较少，并且由于以往研究中方法技术的限制，只能观察到丰度较高的真菌类群，忽略了低丰度类群，以至不能深入了解大豆长期连作后土壤真菌群落结构及功能类群的变化。